Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) di Sekolah Tinggi Teologi Yerusalem Baru Manado (STTYB) merupakan sistem yang dirancang untuk menjamin mutu penyelenggaraan pendidikan tinggi teologi secara berkelanjutan sesuai dengan Standar Nasional Pendidikan Tinggi (SN-Dikti) serta visi dan misi STTYB.

SPMI STTYB bertujuan membangun budaya mutu (quality culture) di seluruh unit akademik dan administrasi melalui pelaksanaan siklus PPEPP — Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi, Pengendalian, dan Peningkatan Mutu.

Kegiatan utama SPMI meliputi:

• Menyusun dan mengembangkan kebijakan serta standar mutu akademik dan non-akademik.
• Melaksanakan audit mutu internal (AMI) dan evaluasi diri secara berkala.
• Mengkoordinasikan penerapan standar mutu di program studi dan unit kerja.
• Memberikan rekomendasi peningkatan mutu kepada pimpinan.

SPMI STTYB dikelola oleh Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) yang bekerja sama dengan Gugus Penjaminan Mutu (GPM) di setiap program studi. Melalui sistem ini, STTYB Manado berkomitmen mewujudkan pendidikan teologi yang unggul, berkarakter Kristiani, dan relevan dengan kebutuhan gereja serta masyarakat.